Музей-заповедник расположен в живописном месте Нижнего Дона, его территория составляет 3650 га. В состав музея вошли три старинных казачьих поселения: станица Раздорская, хутор Пухляковский, хутор Каныгин и два донских острова: Поречный, Гостевой. На территории расположены многочисленные памятники археологии: каменного, бронзового и железного веков, средневековья.